Technika ta może pozwolić na wykrycie różnych alleli danego genu. PCR-DGGE PCR-TGGE inverse PCR (ITCR) – metoda wykorzystuje koliste cząsteczki DNA (powstałe w wyniku cięcia genomowego DNA enzymami restrykcyjnymi i ligowaniu tych fragmentów przez ligazę DNA pochodzącą z bakteriofaga T4), które stanowią matrycę DNA w reakcji PCR. Uzyskane produkty PCR są mniejsze niż odpowiednie produkty hydrolizy, ponieważ startery zostały umiejscowione na końcach 5' i 3' sekwencji znanej, która ulega amplifikacji PCR-OLA (oligonucleotide ligation assay) – metoda ligacji oligonukleotydów PCR-CCM PCR-PTT RAPD-PCR (losowa amplifikacja polimorficznego DNA) – metoda polega na użyciu jednego, krótkiego, losowego startera. Po zakończeniu reakcji i analizie elektroforetycznej otrzymuje się różnej długości prążki będące cechą charakterystyczną danego osobnika (fingerprinting). Niestety, przez niską temperaturę łączenia starterów (konieczne, by uzyskać wystarczającą ilość produktów) metoda ma niską powtarzalność, przy czym wynik zależy od wielu trudnych do określenia czynników (na przykład niewielkich wahań temperatury, użytych odczynników, czasów nagrzewania lub chłodzenia). REP-PCR (repetitive-sequence-based PCR) – PCR z wykorzystaniem sekwencji powtórzonych.