Sonic postanowił go zniszczyć, jednak przeciwnik zdążył uciec – dosłownie spływając do kanału, nim potyczka się skończyła.
Następnego dnia najlepszy przyjaciel Sonica – lis Tails rozbija się na plaży swoim nowym samolotem Tornado, który był zasilany jednym z siedmiu Szmaragdów Chaosu. Uratowany przez niebieskiego jeża rusza wraz z nim pociągiem do jego warsztatu w Mistycznych Ruinach. Niespodziewanie na miejscu spotykają swojego odwiecznego wroga – Doktora Robotnika, zwanego również Eggmanem. Podstępem kradnie szmaragd i podaje go Chaosowi, potworowi, z którym Sonic walczył wcześniej. Wyjaśnia, że za każdym razem, gdy daje Chaosowi szmaragd, bestia pochłania jego moc.
Bohaterowie chcąc pokrzyżować plany zdobycia wszystkich siedmiu szmaragdów przez Dr. Eggmana próbują samodzielnie odszukać pozostałe. Znajdują dwa, w Windy Valley i Casinopolis, ale jeden z nich zostaje skradziony ponownie przez złego doktora. Kolejny znajdują w Ice Cap, jednak napotykają na swojej drodze Knucklesa – rywala jeża, który trwa w błędnym przekonaniu, że Sonic ma kawałki Głównego Szmaragdu. Dochodzi do drobnej bójki, podczas której jeż traci zdobyte szmaragdy. Sytuację wykorzystuje Dr. Eggman, który dzięki temu zdarzeniu posiada 4 szmaragdy i podaje je Chaosowi. W niebo wznosi się Egg Carrier, nowy powietrzny statek szalonego doktora, którym ucieka.