Sonic i Tails gonią go Tornadem, jednak ich samolot zostaje trafiony silnym pociskiem z armaty Egg Carriera.

Sonic ląduje w Station Square, gdzie spotyka go Amy, która prosi go o pomoc w zajęciu się Ptaszkiem, noszącym jeden z cennych kryształów w pudełeczku zawieszonym na szyi. Jeż, jak zwykle, próbuje od niej uciec, jednak zostaje ona porwana przez robota Eggmana, ZERO i zabrana na Egg Carrier. Sonic zmuszony jest gonić latający statek pieszo. Z pomocą zjawia się Tails, który zaprasza jeża na pokład nowego Tornada 2, również zasilanego Szmaragdem Chaosu. Po alternatywnym lądowaniu wybierają się na poszukiwanie Amy. Sprawę utrudnia im szalony Dr. Robotnik transformując swój statek, co doprowadza do zmiany położenia jego głównych części. Udaje im się odnaleźć Amy i Eggmana, jednak ten drugi ucieka po zabraniu Ptaszkowi szmaragdu i wystawia do walki z jeżem swojego robota E-102. Amy jednak nie pozwala jeżowi go zniszczyć; twierdzi, iż jest jej przyjacielem. Tails wraz z Amy uciekają z Egg Carrier; Sonic decyduje się złapać Eggmana.