Podczas tej operacji, zostały zatopione 22 statki transportowe o tonażu 115 600 BRT w tym 8 o tonażu 49 300 BRT przez „Scharnhorsta”.
Po powrocie, podczas napraw w Breście „Gneisenau” został nad ranem 6 kwietnia 1941 uszkodzony brytyjską torpedą lotniczą zrzuconą przez jedyny samolot Bristol Beaufort z 22. Dywizjonu RAF z czterech wysłanych, który dotarł nad cel (został on po ataku zestrzelony)Nalot miał miejsce 10/11 kwietnia według Skwiot, Prusinowska 1999, s. 9 i Jürgen Rohwer, Chronik des Seekrieges, natomiast 9/10 kwietnia według .. Torpeda trafiła w prawą burtę w części rufowej, powodując zalania i uszkodzenia mechanizmów i konieczność dokowania. W nocy 10/11 kwietnia został jeszcze zbombardowany podczas nalotu RAF-u, otrzymując cztery trafienia bombami. Zginęło 72 marynarzy i 90 zostało rannych, z czego 16 później zmarło.
Operacja Cerberus (II 1942) 12 lutego 1942 „Gneisenau” wraz z okrętami „Scharnhorst” i „Prinz Eugen” przedarł się z bombardowanego przez Royal Air Force Brestu do Kilonii (Operacja Cerberus). Na wysokości Terschelling w Holandii „Gneisenau” został jednak uszkodzony przez bliski wybuch miny magnetycznej, która wybuchła w pobliżu rufowej części jednostki.