Okręt skierowano więc na remont w Kilonii.

Uszkodzenia naprawiono do 26 lutego 1942, lecz w nocy z 26 na 27 lutego 1942 „Gneisenau” został ciężko uszkodzony w brytyjskim nalocie na Kilonię. Częściowo wyremontowaną jednostkę przeholowano do Gotenhafen (okupacyjna nazwa Gdyni), gdzie miała być poddana kapitalnemu remontowi i przezbrojeniu w 6 dział 380 mm w dwudziałowych wieżach, jednak remont opóźniał się, gdyż priorytetem były prace na okrętach podwodnych. Ostatecznie remont został wstrzymany po zatopieniu Scharnhorsta w grudniu 1943 roku okolicy Północnego Przylądka w Norwegii.

thumb|Rufowa wieża z „Gneisenau” jako bateria nadbrzeżna w Ørland w Norwegii W lipcu 1942 okręt wycofano ze służby i rozpoczęto demontaż artylerii. Rufowa wieża artyleryjska, Caesar, została wykorzystana jako bateria artylerii nadbrzeżnej Austrått Fort w Ørland, 100 km od Trondheim w Norwegii, gdzie znajduje się do dzisiaj. W Danii, w dawnym „Stevnsfort” koło Rødvig, do dzisiaj znajdują się dwie bliźniacze wieżyczki z działami kalibru 150 mm.