Reorganizacja i nowe marki (1992–1998) thumb|left|upright|Naoto Ohshima, grafik Sonic Teamu, autor projektu postaci Sonica|alt=Zdjęcie Naota Ohshimy, grafika Sonic Teamu Wkrótce po premierze Sonic the Hedgehog Naka, Yasuhara i kilku innych japońskich twórców przenieśli się do Kalifornii, by dołączyć do Sega Technical Institute (STI) – działu utworzonego przez Marka Cerny’ego z zamysłem zbudowania elitarnego studia łączącego amerykańskie i japońskie podejście do projektowania gier. Podczas gdy Naka i Yasuhara pracowali w STI nad Sonic the Hedgehog 2, Ōshima tworzył Sonic CD – prequel przeznaczony na przystawkę Sega Mega-CD. Naka nie uczestniczył bezpośrednio w tym projekcie, wymieniał się jednak z Ōshimą pomysłami projektowymi.
Po premierze Sonic & Knuckles w 1994 roku Naka wrócił do Japonii, gdzie zaproponowano mu stanowisko producenta. Powierzono mu kierowanie działem Consumer Development nr 3 (CS3). Ponownie zaczął współpracować z Ōshimą, a wraz z nim przyszedł Takashi Iizuka, który wcześniej również pracował w zespole Naki w STI. W połowie lat 90. Sonic Team podjął prace nad nowymi markami, czego efektem były Nights into Dreams (1996) i Burning Rangers (1998) na konsolę Sega Saturn. Zdaniem Naki dopiero premiera Nights sprawiła, że Sonic Team ukształtował się jako marka.