Na pocieszenie Jugosłowianom pozostała korona strzelców turnieju dla Savo Miloševica.

Od czasu zakończenia mistrzostw Europy rozpoczął się kryzys drużyny narodowej, pogłębiany częstymi zmianami selekcjonerów. Rezygnacja z gry w kadrze najlepszych piłkarzy i wysoki stopień korupcji w związku piłkarskim to największe bolączki futbolu serbskiego u progu XXI wieku. W eliminacjach do Mundialu 2002 reprezentacja dała się wyprzedzić Rosji i Słowenii, a w kwalifikacjach do Euro 2004, w których po raz pierwszy wystąpiła pod nazwą Serbii i Czarnogóry – Włochom i Walijczykom.

Wydawało się, że powoli drużyna zaczyna wychodzić z zapaści. W połowie 2003 roku selekcjonerem został Ilija Petković. Zmieniły się również władze związku, na nowego prezesa wybrano byłego reprezentanta Jugosławii Dragana Stojkovicia. Trener Petković postawił na piłkarzy nieogranych na międzynarodowych boiskach i zrezygnował z usług większości gwiazd. Efektem jego polityki kadrowej był udany występ w eliminacjach do Mundialu 2006 i awans do tego turnieju z pierwszego miejsca (Serbowie wyprzedzili m.in. Hiszpanię i Belgię). Największą siłą drużyny była wówczas defensywa.