Fernandez w ten sposób zakończył sezon jako trener-zawodnik i poprowadził Cannes z powrotem do Ligue 1, a na koniec sezonu definitywnie zaczął karierę menedżera.
Menedżer Po promocji AS Cannes do Ligue 1, Luis Fernandez kontynuował prace w klubie i zakwalifikował go do Pucharu UEFA. Został uznany Najlepszym trenerem Ligue 1 i pod koniec sezonu 1993-94 Fernandez zaczął używać do ofensywnej taktyki młodych zawodników. Postacią Fernandeza zainteresowało się Paris Saint-Germain. Pomimo tego, że PSG wygrali Mistrzostwo Francji i mieli dobry start w Lidze Mistrzów, PSG zawiodło. Zarząd PSG zobaczył w Fernandezie idealnego menedżera do uformowania obrazu klubu. Pierwszy sezon Luisa Fernandeza w Paris-Saint-Germain był sukcesem. PSG wygrało dwa krajowe puchary: Puchar Francji i Puchar Ligi Francuskiej. Dobrze zaprezentowało się w Lidze Mistrzów przegrywając dopiero w półfinale z AC Milanem.
Silniejszy pokaz Fernandez i drużyna PSG zrobiła, gdy w ćwierćfinałach w dwóch meczach przeciwko wielkiej Barcelonie z Johannem Cruyffem na stanowisku trenera. Drugi sezon w PSG, był początkiem końca Fernandeza.