Zdystansowawszy kolejny raz Ligue 1, PSG znalazło oddech świeżego powietrza w europejskich zawodach, gdzie wygrali Puchar Zdobywców Pucharów po zwycięstwie w finale przeciwko Rapidowi Wiedeń, robiąc z Fernandeza pierwszego francuskiego trenera, który zwyciężył w europejskich pucharach. Prestiżowe zwycięstwo nie było jednak wystarczające, by zachować Fernandeza na miejscu PSG jednakże, po zgubionym mistrzostwie Fernandez opuścił Paris Saint-Germain w końcu sezonu 1995-96.
Fernandez skontaktował się wtedy z Athletikiem Bilbao z hiszpańskiej La Liga klub z Fernandezem jako menedżerem zakwalifikował się do Ligi Mistrzów, gdzie spędził cztery sezony.
W 2000 roku Fernandez powrócił do Francji w grudniu, gdzie jeszcze raz zajął miejsce w PSG zastępując Philippe Bergeroo. Mimo że drużyna miała takie gwiazdy jak Jay-Jay Okocha, Nicolas Anelka, a zwłaszcza Ronaldinho, Fernandez nigdy nie zdobył satysfakcjonujących ambicje klubu. Luis Fernandez został zwolniony w końcu sezonu 2002-03 po dwóch i pół latach.