Sześć miesięcy później, Luis był w Hiszpanii, uchronił RCD Espanyol w grudniu 2003 od spadku do drugiej ligi. Po roku nieaktywności Luis Fernandez w czerwcu 2005 został menedżerem Al-Rayyan SC z Kataru, który opuścił w listopadzie tego samego roku i dołączył do izraelskiego klubu Beitar Jerozolima jako generalny menedżer, czyli po prostu trener. W końcu sezonu 2005/06 Luis opuścił Beitar Jerozolima po tym, jak wdał się w konflikt z fanami klubu. Luis chciałby teraz wrócić do AS Cannes, który gra teraz w Championnat France de National – klub, który zaczął jego menedżerską karierę. W grudniu 2006 objął posadę trenera Realu Betis Sevilla. W latach 2008-2009 trenował Stade Reims.
W dniu 21 marca 2010 roku został selekcjonerem reprezentacji Izraela, w której pracował do końca 2011 roku.
29 kwietnia 2015 został trenerem reprezentacji Gwinei, odszedł 23 maja 2016.
W 2023 roku przyznał, że byłby zainteresowany pracą w Polsce.