Ostatecznie Hamilton zrezygnował z funkcji sekretarza skarbu 31 stycznia 1795, a jego następcą został Oliver Wolcott Jr..
Polityczna emerytura Po wycofaniu się z funkcji sekretarza skarbu, Hamilton powrócił do praktyki adwokackiej w Nowym Jorku, choć nadal często kontaktował się z Washingtonem i doradzał swojemu następcy Wolcottowi. Do aktywności politycznej powrócił rok później, kiedy to odbywały się wybory prezydenckie. Jego głównymi kontrkandydatami byli republikanin Thomas Jefferson i federalista John Adams. Hamilton poniósł w tych wyborach porażkę, bowiem nielubiany przez niego Adams został wybrany różnicą zaledwie 3 głosów, natomiast protegowany Hamiltona Charles Pinckney przegrał. Jako nowy prezydent Adams zachował stary skład gabinetu, lecz miał własne grono doradców i Hamilton nie mógł już walnie wpływać na losy państwa.