Czując porażkę swojej polityki względem Anglii (I koalicja antyfrancuska), 31 grudnia 1793 Thomas Jefferson odszedł z rządu, dzięki czemu Hamilton stał się czołową postacią administracji Washingtona i zaczął być nazywany nieoficjalnym „premierem”. Wówczas jego głównym konkurentem wśród antyfederalistów został James Madison. Wśród opinii publicznej nasilały się trendy, by Stany Zjednoczone włączyły się do wojny z Wielką Brytanią. Kiedy okazało się, że ani Francja, ani Wielka Brytania nie przestrzegają neutralności wobec amerykańskich statków kupieckich, 28 marca 1794 prezydent Washington nałożył embargo na wszystkie statki przybijające do portów w USA. Konsekwencją tego była konieczność wysłania do Wielkiej Brytanii negocjatora, którym miał być Hamilton, jednak wobec silnej opozycji on sam zaproponował kandydaturę prezesa Sądu Najwyższego, Johna Jaya. Hamilton naszkicował mu projekt porozumienia z rządem brytyjskim. Porozumienie wkrótce zostało podpisane jako tzw. traktat Jaya, który wszedł w życie w 1796.
Wkrótce potem Hamilton zaczął odczuwać zmęczenie ciągłymi atakami zarówno na swoją osobę, jak i na politykę, którą prowadził. Sytuację pogorszyła jeszcze tzw. rebelia o whisky, który wybuchła w 1794.