W Krakowie jest 5 rezerwatów przyrody o łącznej powierzchni 48,6 ha (0,15% powierzchni miasta)Centralny rejestr form ochrony przyrody – Generalna Dyrekcja Ochrony Środowiska.. Na obszarze miasta Krakowa znajdują się niewielkie zielone obszary wchodzące w skład Zespołu Jurajskich Parków Krajobrazowych. Zespół ten zajmuje się ochroną terenów Jury Krakowsko-Częstochowskiej m.in. fragmenty parku Bielańsko-Tynieckiego, Tenczyńskiego oraz Dolinek Krakowskich, wraz z ich otulinami. Ponadto ostoja przyrodnicza Jury Krakowsko-Częstochowskiej wchodzi w skład programu CORINE biotopes ze względu na swoją florę, faunę, geomorfologię i krajobraz.
Rezerwaty i pomniki przyrody
Nazwa rezerwatu Powierzchnia Przedmiot ochrony Bielańskie Skałki 1,73 ha spontaniczne procesy sukcesji biocenoz leśnych na skalistym, dawniej pozbawionym lasu terenie Bonarka 2,29 ha rezerwat geologiczny, uskoki geologiczno-tektoniczne, powierzchnie abrazyjne, odsłonięte utwory jurajskie, kredowei trzeciorzędowe Panieńskie Skały 6,41 ha wąwóz jurajski z wychodniami skał wapiennych, naturalny las bukowy i grądowy.