Teoria ta jest jednak mało prawdopodobna, matka astronoma bowiem po śmierci męża w 1483 nie wyprowadziła się z Torunia.

Istnieje jeszcze hipoteza, że Mikołaj wraz z Andrzejem uczęszczali do szkoły Braci Wspólnego Życia w Chełmnie, jednak jest ona kwestionowana.

Studia w Krakowie Dzięki protekcji Łukasza Watzenrodego w 1491 Andrzej i Mikołaj Kopernikowie rozpoczęli studia w Akademii Krakowskiej (Mikołaj podpisał się Nicolaus Nicolai de Thuronia, co z łaciny oznacza: „Mikołaj, syn Mikołaja, z Torunia”). Czasy jego krakowskich studiów przypadły na okres świetności tzw. krakowskiej szkoły astronomiczno-matematycznej – wykładali tam m.in.: Marcin Król z Przemyśla, Marcin Bylica z Olkusza, Maciej z Miechowa, Jan z Głogowa czy Wawrzyniec Korwin. Jednym z nauczycieli astronomii Kopernika był wówczas Wojciech z Brudzewa, który nie prowadził zajęć na uczelni, ale wykładał prywatnie poza Akademią. Mikołaj studiował na jednym roku z Pawłem z Krosna, Piotrem Tomickim i Bernardem Wapowskim z Radochoniec, z którym przyjaźnił się do końca życia. Studia ukończył w 1495 r., bez uzyskania żadnego tytułu, gdyż utrudniłoby to kontynuowanie nauki we Włoszech, dokąd wyjechał z bratem dzięki wsparciu finansowemu Łukasza Watzenrodego.