Święcenia niższe Prawdopodobnie w okresie studiów w Krakowie otrzymał tzw. niższe święcenia, ponieważ już 26 sierpnia 1495 został kanonikiem warmińskim.
Wbrew powszechnej opinii nie był on jednak wyświęcony na kapłana, a założenie takie było wynikiem pomyłki XX-wiecznego kopernikologa, Lino Sighnolfiego. Odnalazł on dokument, datowany na 20 października 1497, na którym widniał napis „Nicolaus Copernig, canonicus Vuermiensis (...), presbiter constitutus”, co się tłumaczy: „Mikołaj Kopernik, kanonik warmiński (...) stawiwszy się jako ksiądz”. Powtórne badanie tego dokumentu wykazały jednak, że Sighnolfi błędnie odczytał napis, który brzmiał „Nicolaus Copernig, canonicus Vuermiensis (...), personaliter constitutus”, czyli „Mikołaj Kopernik, kanonik warmiński (...) stawił się osobiście”. Innym powodem, dla którego należy wątpić w wyższe święcenia, był fakt, że kapłanom nie wolno było wówczas trudnić się medycyną.
Zdaniem większości kopernikologów astronom nie objął od razu kanonikatu (albo objął, ale wobec oporu kapituły warmińskiej – zrezygnował) i faktycznie odzyskał tytuł dopiero 20 października 1497.