II liga 1988/1989 – 41. edycja ogólnokrajowych rozgrywek drugiego poziomu ligowego piłki nożnej mężczyzn w Polsce. Wzięły w nich udział 32 drużyny, grając w dwóch grupach systemem kołowym. Sezon ligowy rozpoczął się w lipcu 1988, ostatnie mecze rozegrano w czerwcu 1989. Była to ostatnia edycja II ligi przed reformą rozgrywek, po której ponownie utworzono jedną grupę tego poziomu rozgrywkowego.
Drużyny 700px
Grupa I
Uwagi: W grupie występowały dwie drużyny z Wodzisławia Śląskiego - Odra i Górnik Pszów, który uczestniczył w rozgrywkach jako Górnik Pszów Wodzisław Śląski, gdyż Pszów w latach 1975–1994 był dzielnicą Wodzisławia Śląskiego.
Grupa II
Rozgrywki Uczestnicy obu grup rozegrali po 30 kolejek ligowych (razem 240 spotkań) w dwóch rundach: jesiennej i wiosennej.
Po sezonie dokonano reformy II ligi – zmniejszono liczbę uczestników z 32 do 20 i utworzono jedną grupę tego poziomu w miejsce dwóch. W związku z tym mistrzowie grup uzyskali awans do I ligi, a wicemistrzowie rozegrali dwumecze barażowe o wejście do I ligi z 13. i 14. zespołem najwyższej klasy rozgrywkowej.