Peres poza podejmowaniem wysiłków na rzecz nawiązywania kolejnych kontraktów zbrojeniowych, prowadził także szeroką działalność związaną z budową w Izraelu nowoczesnego przemysłu zbrojeniowego, zdolnego do produkcji każdego rodzaju broni i amunicji. Powstała w 1953 Israel Aerospace Industries kupowała w Stanach Zjednoczonych sprzęt do naprawy samolotów i robiła swoje pierwsze kroki w opracowywaniu własnych technologii lotniczych. W 1958 zakupiono francuskie odrzutowe samoloty myśliwskie Mirage III, a w 1960 uruchomiono linię montażową odrzutowych samolotów szkoleniowych CM.170 Magister. Zakłady Israel Military Industries rozpoczęły produkcję pistoletów maszynowych Uzi. W zakładach Rafael Advanced Defense Systems rozpoczęto rozwijanie technologii pocisków odrzutowych. Siłą napędową wszystkich tych projektów był Szimon Peres.
W 1957 między Francją a Izraelem zostało podpisane tajne porozumienie w sprawie budowy reaktora jądrowego i utworzenia Centrum Badań Nuklearnych Sorek z zakładem uzdatniania plutonu, co wskazywało na plany budowy izraelskiej broni jądrowej. Tajny ośrodek badawczy powstał w pobliżu miejscowości Dimona. Peres pracował przy tym projekcie, choć żadne szczegóły w tej kwestii nie są znane.