Aneksja Riukiu dopełniła się w marcu 1879 roku. Japonia wysłała na Okinawę oddział wojska i policji, zajęła zamek Shuri i proklamowała ustanowienie prefektury Okinawa. Król Shō Tai został wywieziony do Tokio. Chiny głośno zaprotestowały. Następnego roku Japonia i Chiny usiadły do stołu rokowań i wynegocjowały porozumienie o podziale wysp Riukiu, zgodnie z którym Okinawa miała przypaść Japonii, zaś wyspy Miyako i Yaeyama Chinom. Chiny jednak wycofały się z porozumienia. Los Riukiu został ostatecznie przypieczętowany przez klęskę Chin podczas wojny z Japonią w 1895 roku.
Okinawa była pierwszym, a zarazem jedynym terytorium zamorskim Japonii, które otrzymało status prefektury, oraz którego mieszkańcy, choć z dużym opóźnieniem, otrzymali prawa obywatelskie na równi z Japończykami. Mieszkańcy Okinawy stosunkowo szybko poddali się procesowi asymilacji i japonizacji. Do 1921 roku wszystkie różnice prawne i administracyjne pomiędzy Okinawą a tzw. „Japonią właściwą” zostały zlikwidowane. Niemniej przez cały okres przedwojenny Okinawa pozostawała najbiedniejszym regionem, z najniższym wskaźnikiem poziomu życia, najgorszym systemem edukacji i opieki społecznej oraz najgorszą infrastrukturą. Pod wieloma względami Japonia traktowała Okinawę jak kolonię, zwłaszcza w okresie pierwszych dwudziestu lat po aneksji.