Kontrowersyjne małżeństwo W 1998 r. arcybiskup Milingo nawiązał pierwsze kontakty z kontrowersyjnym koreańskim liderem religijnym Sun Myung Moonem. W 1999 roku pojawił się w charakterze gościa na zbiorowej ceremonii ślubnej Kościoła Zjednoczeniowego w Seulu. Po tym zdarzeniu zadeklarował chęć odejścia od celibatu i zwrócił się do papieża o pozwolenie na zawarcie związku małżeńskiego z członkinią Kościoła Zjednoczeniowego. Zgody nie uzyskał. Otrzymał równocześnie upomnienie i pouczenie od prefekta Kongregacji Nauki Wiary, kardynała Josepha Ratzingera o możliwości zastosowania wobec niego surowej suspensy, w razie gdyby się na ten krok samowolnie zdecydował.

Milingo nie zastosował się do ostrzeżeń i 27 maja 2001 r. w Nowym Jorku podczas zbiorowej ceremonii zaślubin zorganizowanej przez Kościół Zjednoczeniowy zawarł małżeństwo z młodszą od siebie Koreanką, Marią Sung Ryae Soon. Wywołało to oburzenie Stolicy Apostolskiej i wszczęcie procedur karnych. Arcybiskup Milingo powrócił do Włoch i spotkał się z papieżem. Za namową Jana Pawła II uznał swój związek za nieważny. Oddał się pokucie. Przebywał w odosobnieniu w Argentynie, a następnie zamieszkał w klasztorze w Zagarolo pod Rzymem.