Pod koniec czerwca 2006 r. opuścił jednak samowolnie Włochy i wyjechał do Stanów Zjednoczonych Ameryki. W Nowym Jorku ogłosił powołanie prałatury personalnej Married Priests Now!, której jako cel postawił przywrócenie żonatych duchownych do posługi w Kościele rzymskokatolickim. Na zwołanej 12 lipca 2006 r. w Waszyngtonie konferencji prasowej ogłosił, że ponownie zszedł się z Marią Sung.
Ekskomunika 24 września 2006 r. arcybiskup Emmanuel Milingo konsekrował sub conditione bez zgody Stolicy Apostolskiej czterech żonatych duchownych amerykańskich na biskupów katolickich. 26 września 2006 r. prefekt papieskiej Kongregacji do spraw Duchowieństwa oświadczył, że czynem tym arcybiskup i czterej rekonsekrowani przez niego hierarchowie: George Augustus Stallings Jr., Peter Paul Brennan, Patrick Trujillo i Joseph Gouthro zaciągnęli na siebie ekskomunikę latae sententiae.
W związku z uznaniem za ekskomunikowanego arcybiskup Milingo utracił paszport Stolicy Apostolskiej. Został wydalony ze Stanów Zjednoczonych Ameryki. Od tego czasu wspólnie z żoną rozpoczął podróże po całym świecie, odwiedzając niezależne wspólnoty religijne prowadzone przez żonatych księży. Jako stałą siedzibę obrał Seul.