Jana Konopackiego (1594-1605), Johanna Joachima Posseliusa (przed 1625), Johanna Ernesta Schefflera (1663), Piotra Wyhowskiego (epitafium inskrypcyjne z okresu 1705-1713), czy Józefa Hercyka (epitafium inskrypcyjne z 1733)Najstarszy kościół w Gdańsku ma ponad 800 lat [dostęp 2015-01-21]..
W 1896 roku w związku z remontem świątyni usunięto 15 z 25 istniejących dotąd ołtarzy.
Ołtarz główny Sztukę późnego renesansu reprezentuje przede wszystkim bogato zdobiony, pięciokondygnacyjny ołtarz główny, pochodzący z 1643. Wypełnia on całą powierzchnię wschodniej ściany prezbiterium, zawiera liczne obrazy i rzeźby figuralne i jest pokryty polichromowaną dekoracją reliefową z motywami chrząstkowo-małżowinowymi. Obraz główny z 1647, namalowany na płótnie przez gdańskiego artystę Augusta Ranischa, przedstawia patrona kościoła, św. Mikołaja klęczącego przed Chrystusem, który wręcza mu księgę i Matka Boska, która wkłada na jego głowę mitrę. Obraz zajmuje wysokość drugiej i trzeciej kondygnacji ołtarza. Na czwartej kondygnacji widnieją dwa owalne obrazy przedstawiające św. Dominika i św. Franciszka. Na wszystkich kondygnacjach rozmieszczone są liczne figury świętych, m.in.: św. Stanisław z Piotrowinem u stóp, św. Wojciech z wiosłem, św. Jacek Odrowąż z figurką Madonny w lewej ręce, powyżej św. Kazimierz królewicz, a nad nim brat Jacka, bł.