Najwcześniejsze gotyckie zabytki to Pietà z pocz. XV w. przy kaplicy św. Jacka i malowidła na północnej ścianie prezbiterium z ok. 1430 przedstawiające Mękę Pańską, pierwotnie przyozdobione złotemZłota Jerozolima w sercu Gdańska. Naukowcy mówią o „elektryzującym” odkryciu.. Poza tym do gotyckiego wyposażenia należy tablicowy obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem (ok. 1466), krucyfiks z belki tęczowej (ok. 1520) i nieco późniejsze, cenne artystycznie stalle, ustawione po obu stronach prezbiterium, składające się z gotyckich siedzisk z ok. poł. XVI w. i późniejszych, rokokowych zaplecków z poł. XVIII w., ozdobionych girlandami i ornamentami typu rocaille oraz 22 wypukłymi reliefami. Reliefy te, dzieło nieznanego artysty, przedstawiają sceny z życia Jezusa na tle architektury i krajobrazów.
W świątyni zachowała się płyta nagrobna pochowanego tu rycerza krzyżackiego. Do dzieł barokowych i renesansowych zaliczyć należy epitafia katolickiej szlachty pomorskiej, m.in.