Kontrowersje Konflikt z Lechem Wałęsą Krzysztof Wyszkowski publicznie zarzucił Lechowi Wałęsie współpracę z SB w latach 70., czemu były prezydent konsekwentnie zaprzeczał. Lech Wałęsa wytoczył mu w 2005 proces o naruszenie dóbr osobistych za nazwanie go współpracownikiem SB o pseudonimie „Bolek”. Krzysztof Wyszkowski przegrał ten proces w pierwszej instancji, jednak na skutek odwołania wyrok został uchylony do ponownego rozpoznania. W 2010 Sąd Okręgowy w Gdańsku oddalił pozew byłego prezydenta, nie przesądzając kwestii merytorycznych, uznał bowiem, że Krzysztof Wyszkowski zachował należytą staranność w wykazaniu, iż Lech Wałęsa mógł być tajnym współpracownikiem. Rozpatrując odwołanie Lecha Wałęsy, Sąd Apelacyjny w Gdańsku w 2011 zmienił ten wyrok, uwzględniając w części powództwo i zobowiązując Krzysztofa Wyszkowskiego do przeprosin.