po śmierci prymasa Tarnowskiego w 1604 roku faktycznie kierował sprawami państwa. Jako zaufany powiernik Zygmunta III Wazy jeździł Myszkowski do Rzymu, do papieża, oraz do Pragi, do cesarza Rudolfa II Habsburga, prowadząc tajne pertraktacje w sprawie małżeństwa króla z arcyksiężniczką Konstancją, siostrą zmarłej żony Zygmunata III – Anny. Pod koniec 1605 roku w Grazu zawarł Myszkowski ślub z arcyksiężniczką w zastępstwie króla. 7 października 1606 roku podpisał ugodę pod JanowcemAlexander Rembowski, Rokosz Zebrzydowskiego : materyały historyczne poprzedzone przedmową i rozprawą pod tytułem Konfederacya i rokosz w dawnem prawie państwowem polskiem, Warszawa 1893, s. 213.. Podczas rokoszu sandomierskiego należał do obozu stronników królewskich, a po przegranej rokoszan opowiedział się za okazaniem łaski przeciwnikom. W 1608 roku wyruszył Myszkowski w podróż gdzie na zagranicznych dworach dementował dyskredytujące Zygmunta III Wazę plotki szerzone przez rokoszanina Janusza Radziwiłła; w Rzymie spotkał się z papieżem Pawłem V, w Paryżu gościł na dworze Henryka IV, w Londynie złożył wizytę królowi Jakubowi I.