Po powrocie do kraju w 1609 roku rozpoczął Myszkowski przygotowania do wyprawy zbrojnej na Moskwę; pragnął panowania Wazów w Cesarstwie Rosyjskim oraz odzyskania przez nich tronu szwedzkiego.
Myszkowski był przeciwnikiem demokracji; propagował reformę ustroju w duchu absolutystycznym poprzez likwidację izby poselskiej oraz ograniczenie liczebne senatu do 51 wojewodów, duchownych, przednich kasztelanów i urzędników koronnych. Władza monarchy miała być także wzmocniona ekonomicznie poprzez reformę zarządu królewszczyzn i zakaz wywożenia annat biskupich za granicę.
Mecenas sztuki Margrabia był wielkim miłośnikiem i propagatorem kultury i sztuki włoskiej (przez szlachtę przezywany był nawet "włoszkiem"). Na dwór królewski sprowadzał włoskich malarzy, rzeźbiarzy i muzyków; kupował dla Zygmunta III Wazy płótna włoskich mistrzów. Otoczony przez Myszkowskiego szczególną opieką Pińczów, stał się skupiskiem włoskich kamieniarzy, rzeźbiarzy i sztukatorów. Właśnie w Pińczowie mieszkał i miał swój warsztat kamieniarski Santi Gucci, królewski rzeźbiarz i architekt, któremu to Myszkowski zlecił wykonanie projektów rozbudowy i przebudowy w stylu manierystycznym zamku pińczowskiego oraz budowy kaplicy św. Anny, którą wzniesiono na pamiątkę jubileuszu 1600 roku.