Po śmierci Gucciego jego warsztat kamieniarski wzniósł dla Myszkowskiego słynną łaźnię pińczowską, fontannę na pińczowskim rynku oraz kaplicę-mauzoleum przy kościele Dominikanów w Krakowie.
Życie prywatne 13 października 1591 roku w Nowym Korczynie Myszkowski poślubił damę dworu królowej Anny Habsburżanki – Elżbietę Boguszównę z Ziemblic (zm. 1643), córkę Jana, kasztelana zawichojskiego. Przyszła żona Myszkowskiego pochodziła z rodziny ariańskiej, jednak gdy trafiła na dwór królewski, porzuciła wiarę braci polskich na rzecz katolicyzmu. Z małżeństwa z Elżbietą Boguszówną miał Myszkowski trzech synów i pięć córek. Synowie: Jan (zm. 1621), starosta korczyński, II ordynat, Ferdynand (zm. 1647), dworzanin królewski, starosta grodecki, III ordynat, i Władysław zmarli bezpotomnie. Trzy córki (Eleonora, Beata i Konstancja) wstąpiły do klasztoru, czwarta Salomea pozostała w panieństwie, piąta Anna wyszła za Mikołaja Komorowskiego z Żywca.
Śmierć Zygmunt Gonzaga Myszkowski zmarł po 15 lipca 1615 roku w Bassano koło Trydentu, w trakcie swej szóstej wyprawy do Włoch. Zwłoki sprowadzono do Polski i 17 grudnia 1615 roku uroczyście pochowano w rodzinnym mauzoleum przy kościele Dominikanów w Krakowie.