Główna Komisja, Okręgowe Komisje oraz delegowane przez nie organy miały prawo do prowadzenia dochodzeń oraz badania świadków (w tym zakresie stosowało się odpowiednio przepisy Kodeksu postępowania karnego), korzystając z uprawnień władz sądowych. Czynności podjęte przez członków Głównej Komisji i Okręgowych Komisji posiadających uprawnienia prokuratorskie lub sędziowskie miały moc czynności sądowych, a protokoły – moc protokołów sądowych. Członkowie Głównej Komisji przy wykonywaniu swoich obowiązków mieli prawo do bezpłatnego korzystania z państwowych i samorządowych środków transportu na terenie całego państwa.
Organy bezpieczeństwa publicznego i milicji oraz administracji państwowej były obowiązane do wykonywania zleceń wydanych we właściwym zakresie przez komisje i ich organy. Wszystkie instytucje i osoby prywatne były obowiązane do przekazania Głównej Komisji lub Okręgowym Komisjom posiadanych przez nie materiałów dotyczących zbrodni niemieckich.
Budżet Głównej Komisji oraz Okręgowych Komisji wchodził jako dział odrębny do budżetu Ministerstwa Sprawiedliwości.