Szczegółową organizację Głównej Komisji i Okręgowych Komisji określał statut zatwierdzony przez Ministra Sprawiedliwości w porozumieniu z ministrami Informacji i Propagandy, Spraw Zagranicznych oraz Bezpieczeństwa Publicznego.
Komisja zmieniała w kolejnych latach kilkukrotnie nazwę: Główna Komisja Badania Zbrodni Niemieckich w Polsce (1945–1949) Główna Komisja Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce (1949–1984) Główna Komisja Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce – Instytut Pamięci Narodowej (1984–1991) Główna Komisja Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu – Instytut Pamięci Narodowej (1991–1999).
Po czystce antysemickiej z marca 1968 Komisja wszczęła śledztwa w sprawie represji niemieckich wobec Polaków udzielających pomocy Żydom. Śledztwa te miały na celu wyłącznie udokumentowanie ofiar terroru, natomiast przedmiotem zainteresowania prokuratorów nie było wyjaśnienie okoliczności niemieckich zbrodni, w tym ustalenie przypadków polskiej współpracy z okupantem poprzez donosicielstwo lub inne formy udziału w zbrodniach.
W 2016 roku rozpoczęto publikowanie zdigitalizowanych zeznań składanych przed Komisją w internetowej bazie świadectw Zapisy Terroru.