Działalność w ramach IPN thumb|Siedziba oddziału komisji w Rzeszowie W 1999 weszła w życie ustawa o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu. Zadania Komisji, rozszerzone o badanie terroru komunistycznego, przejął w 1998 r. pion śledczy Instytutu Pamięci NarodowejInformacje o działalności IPN, https://web.archive.org/web/20170412061519/http://old.ipn.gov.pl/o-ipn/informacje-o-dzialalnosci-ipn/w-okresie-1-lipca-2000-r.-30-czerwca-2001-r./wprowadzenie (dostęp 2017-04-11).. Komisję przekształcono w pion śledczy IPN, który rozpoczął prace w 2000 roku (7 sierpnia został powołany Dyrektor Głównej Komisji Witold Kulesza, który został odwołany 14 października 2006). 15 lutego 2007 na stanowisko Dyrektora Głównej Komisji powołano Dariusza Gabrela.
Prokuratorów Głównej Komisji, oddziałowych komisji oraz referatów śledczych delegatur IPN powołuje i odwołuje (na wniosek Prezesa Instytutu Pamięci Narodowej) Prokurator Generalny, zaś pracą jej kieruje Dyrektor Głównej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu powoływany spośród prokuratorów Głównej Komisji przez Prezydenta RP na wniosek Prokuratora Generalnego w porozumieniu z Prezesem Instytutu Pamięci Narodowej.