W czasach nazistowskich synagoga dużej gminy żydowskiej, zbudowana w 1832, została zbezczeszczona i zniszczona podczas pogromu listopadowego w 1938, podobnie jak dwa cmentarze żydowskie przy wieży ciśnień w dzisiejszym parku miejskim, których rozbite nagrobki posłużyły jako bruk do utwardzenia nawierzchni ulic. Nowy Cmentarz Żydowski przy Puschkinstrasse 60 został odrestaurowany po 1945. Podczas II wojny światowej w Prenzlau zginęło około 600 osób. Pod koniec kwietnia 1945 około 85 procent centrum Prenzlau zostało zniszczone przez Armię Czerwoną.
Odbudowę zniszczonego centrum miasta rozpoczęto w 1952. W związku z niedoborem mieszkań i małą siłą gospodarczą w latach powojennych budowano głównie budynki prefabrykowane, które cieszyły się dużym zainteresowaniem ludności, w których nadal mieszka wiele ludzi.
Początkowo w centrum gospodarki znajdował się przemysł rolniczy. Ważnymi pracodawcami były takie firmy jak cukrownia, gospodarstwo mleczarskie, młyn zbożowy i browar. Kiedy w 1972 założono Armaturenwerk Prenzlau (AWP), utworzono ponad 1000 nowych miejsc pracy, a firma stała się największym pracodawcą w mieście.