Od tego czasu zaczął otwarcie propagować Reformację, a od 1552 odprawiał sporadyczne domowe nabożeństwa ewangelickie w podkrakowskich miejscowościach (Wola Justowska i Chełm) dla mieszkańców Krakowa. W 1554 opuścił Brzeziny, mianowano go wówczas pastorem zboru w Pełsznicy, gdzie objął jednocześnie urząd ministra u Stanisława Lasockiego. W 1556 wraz z S. Sarnickim i J. Sylviusem został mianowany seniorem. W sierpniu 1557 na synodzie w Pińczowie wybrano go pastorem zboru w Krakowie i kaznodzieją krakowskim, a nieco wcześniej gościł u niego F. Lismanin.
Z czasem jego przekonania stawały się coraz bardziej radykalne, bezpośrednio po synodzie pińczowskim (kwiecień 1562) zerwał z kalwinizmem i otwarcie głosił unitarianizm. Wkrótce wraz z J. Blandratą i F. Lismaninem stali się przywódcami tego nurtu. W październiku 1565 podczas dysputy piotrkowskiej zerwano ostatecznie ze zborem małopolskim. Prześladowany, w 1566, musiał uchodzić z Krakowa. W 1569 przybył do Rakowa – głównego ośrodka braci polskich i stał się przywódcą nurtu radykalnego. Pełnił tutaj urząd ministra i m.in. dyskutował z Paleologiem.