W drugiej połowie lat 70. XVI w., troski rodzinne, ubóstwo i osłabienie wzroku były przyczyną długotrwałej absencji Grzegorza od czynnego udziału w pracach gminy rakowskiej. W 1603 roku jako autor trafił do pierwszego polskiego Indeksu Ksiąg Zakazanych powstałego z inicjatywy biskupa Bernarda Maciejowskiegohttps://repozytorium.uwb.edu.pl/jspui/bitstream/11320/2532/1/Studia_Podlaskie_12_Guzowski.pdf.
Poglądy Głosił idee bliskie późniejszemu socjalizmowi utopijnemu, m.in. wspólnotę dóbr i obowiązek utrzymywania się tylko z własnej pracy. Twierdził, że prawdziwi chrześcijanie, czyli Bracia Polscy, nie potrzebują państwa, które stworzono tylko dla ludzi złych, żeby ich kontrolować i karać. Chociaż podkreślał konieczność podporządkowania się władzom świeckim, to uważał, że bracia polscy nie powinni brać udziału w rządzeniu państwem ani rozstrzygać sporów przed sądami. Był bezwarunkowym pacyfistą (podobnie jak Marcin Czechowic). Ostro zwalczał poglądy Jakuba Paleologa, który popierał koncepcję „sprawiedliwej wojny” w traktacie „Zdanie o wojnie”. Grzegorz Paweł z Brzezin energicznie odparł jego twierdzenia w łacińskim traktacie „Adversus Jacobi Palaeologi de bello sententiam Gregorii Pauli Responsio”.