Anatomia thumb|Schemat przedstawiający anatomię nicieni na przykładzie Caenorhabditis elegans Wór powłokowo-mięśniowy otacza pseudocel (jamę ciała), który jest wypełniony płynem surowiczym pod dość dużym ciśnieniem, pełniącym funkcję hydroszkieletu. Płyn ten zawiera także m.in. hemoglobinę, glukozę, białka, witaminy oraz sole mineralne, więc pełni on rolę krwi, ponieważ nicienie nie mają układu oddechowego ani układu krwionośnego.
Układ pokarmowy ma postać przewodu. Dzieli się na trzy odcinki: przedni (w którym znajdują się torebka gębowa i gardziel) oraz tylny (zakończony otworem odbytowym u samic lub kloaką u samców) – pochodzenia ektodermalnego, a także środkowy – pochodzenia endodermalnego. Przedni i tylny odcinek są wyścielone oskórkiem. Na przednim końcu ciała znajduje się układ gębowy otoczony wargami lub płytkami oskórkowymi. Układ wydalniczy często ma kształt litery H i składa się z dwóch ślepo zakończonych przewodów zlokalizowanych w bocznych wałkach hipodermalnych oraz łukowato wygiętego przewodu poprzecznego przechodzącego w krótki przewód wyprowadzający z otworem po stronie brzusznej. W układzie wydalniczym nie występują komórki płomykowe.