W następnym sezonie 1998/1999 zdobył 15 bramek w 30 meczach w Serie A.
W 1999 przeszedł do Lazio, z którym w pierwszym sezonie zdobył mistrzostwo Włoch, a także Puchar Włoch. W Lidze Mistrzów UEFA jego zespołowi udał się awansować do ćwierćfinału. 14 marca 2000 w wygranym 5:1 meczu tych rozgrywek przeciwko Olympique Marsylia, Inzaghi strzelił 4 bramki, a ogólnie w edycji 1999/2000 zanotował 9 trafień. W styczniu 2005 został wypożyczony z Lazio do Sampdorii. W sezonie 2007/2008 przebywał na wypożyczeniu w Atalancie. W 2010, w wieku 34 lat, zakończył karierę.
Kariera reprezentacyjna 29 marca 2000 zadebiutował w reprezentacji Włoch w przegranym 2:0 meczu przeciwko Hiszpanii, wchodząc w 60. minucie za Stefano Fiore. Łącznie dla włoskiej drużyny narodowej rozegrał trzy mecze, w których nie zdobył bramki.