Kariera trenerska Lazio Po zakończeniu kariery jako zawodnik, Inzaghi rozpoczął szkolić młodzieżowe sekcje klubu Lazio. 3 kwietniu 2016, po zwolnieniu Stefano Pioliego, został ogłoszony tymczasowym szkoleniowcem pierwszej drużyny. Po zakończeniu sezonu 2015/2016 został zastąpiony przez Marcelo Bielsę, ale ten po dwóch dniach od podpisania kontraktu podjął decyzję o rezygnacji ze stanowiska. Zarząd klubu zaproponował więc tę posadę Inzaghiemu, który przyjął ofertę. W pierwszym meczu nowego sezonu pod jego wodzą, Lazio zwyciężyło 4:3 przeciwko Atalancie. Lazio zakończyło sezon 2016/2017 na 5. miejscu w ligowej tabeli, a w rozgrywkach Pucharu Włoch dotarło do finału, w którym przegrało z Juventusem. 7 czerwca 2017 przedłużył kontrakt z klubem do 2020. lewo|mały|Simone Inzaghi (2018) W sezonie 2017/2018 zdobył swoje pierwsze trofeum jako trener Lazio, triumfując w Superpucharze Włoch, w którym zespół z Rzymu pokonał Juventus 3:2, a rozgrywki ligowe Lazio zakończyło na 5. miejscu. W kolejnym sezonie razem z drużyną wywalczył Puchar Włoch, wygrywając 2:0 w finale z Atalantą, a w tabeli ligowej jego zespół uplasował się na 8. pozycji. 22 grudnia ponownie zdobył Superpuchar Włoch, po raz drugi pokonując Juventus. Lazio w sezonie 2019/2020 włoskiej ligi uplasowało się na 4.