Metaforyczność stanowi ważny problem. W języku naturalnym znajdują się metafory (nie ma ich w języku logiki). Kiedy mamy do czynienia z metaforą? Wtedy gdy zostanie złamana zasada kompozycji znaczeniowej, która mówi, że znaczenie wyrażenia całościowego jest funkcją znaczeń wyrażeń składowych. Np. zdanie: „Matematyka jest moją piętą achillesową” oznaczałoby dosłownie, nie metaforycznie, że matematyka jest dla mnie częścią nogi mitycznego herosa. Jednakże nie można pozbyć się metafor, gdyż język straciłby swą moc informacyjną.
Synonimia. Nawet w jednym języku nastręcza ona trudności przez to, iż wyrazy mają różny zakres pojęciowy. W tłumaczeniu problem ten ulega tylko powiększeniu. Częstokroć bywa tak, że tłumaczony wyraz nie ma swego idealnego odpowiednika w drugim języku.
Homonimy są kolejnymi problemami w automatycznym tłumaczeniu. Właściwa interpretacja jest przy nich bardzo ważna. Np. zdanie: „Podszedł do zamku” można interpretować na różne sposoby i interpretacje są zależne od kontekstu. Pojawia się tu kwestia umiejętności donoszenia się do kontekstu przez automatycznego tłumacza.