W latach 80. XX wieku kwestią sporną wśród hodowców stały się kształt głowy oraz futro kota balijskiego. Okazało się, że w obrębie rasy oba te elementy nie są ujednolicone. Niektóre osobniki miały głowę zaokrągloną, inne zaś w formie wydłużonego klina. Różnice pojawiały się także w długości i jakości sierści. W związku z tym hodowczyni Leslie Lamb opracowała program hodowlany dotyczący kształtu czaszki balijczyków, natomiast równolegle nad poprawą kwestii futra pracowała Nellie Sparrow, która zdecydowała się na krzyżowanie kotów balijskich z kotami syjamskimi o sierści nieco dłuższej, niż zakładał to standard. Ich prace nie przyniosły jednak oczekiwanych efektów, wskutek czego popularność tej rasy na wystawach spadła. Trudną ówcześnie sytuację tych kotów udało się poprawić za sprawą wyhodowanej przez Bobby Short linii kotów o nazwie Balik, która była bardzo dobrze oceniana w trakcie wystaw. W XXI wieku, w wyniku wielu prac hodowlanych, udało się uzyskać bardziej jednorodną formę kotów balijskich, jednak nadal nie cieszą się one tak dużą popularnością jak w latach 70. XX wieku.