II wojna światowa Jego karierę sportową przerwał wybuch II wojny światowej. Nie został zmobilizowany w czasie kampanii wrześniowej. Po jej zakończeniu zgłosił się do pracy w Warszawie w warsztatach tramwajowych. Ze względu na swoje osiągnięcia sportowe zwrócił uwagę Niemców. Dwukrotnie zaproponowali mu podpisanie niemieckiej listy narodowościowej (tzw. volkslisty), oferując dobrze płatne stanowisko i związane z tym przywileje. Józef Noji dwukrotnie odmówił. Na przełomie lat 1939–1940 włączył się w działalność struktur konspiracyjnych polskiego podziemia niepodległościowego. Został aresztowany przez Gestapo 18 września 1940 i umieszczony w niemieckim więzieniu przy ul. Pawiej.
Po blisko rocznym pobycie na Pawiaku, 23 lipca 1941 roku został wywieziony do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz. W transporcie liczącym 350 innych więźniów znajdowało się również wielu przedstawicieli polskiej inteligencji, jak były wiceminister skarbu Roman Rybarski, rektor Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego – Witold Staniszkis, polityk PPS Adam Kuryłowicz, publicysta Piotr Kownacki.