W obozie Noji otrzymał numer 18 535 i skierowany został do pracy w obozowej stolarni. W lutym 1943 roku za próbę przemycenia grypsu został wtrącony do bunkra w bloku 11 zwanym blokiem śmierci, gdzie napisał ostatni list do żony. Następnego dnia, 15 lutego 1943 roku o godzinie 13.55, został zaprowadzony pod tzw. „ścianę śmierci” i zastrzelony strzałem w tył głowy. Ocalały z Auschwitz więzień nr 21 953 – Leonidas Koreń, który był świadkiem wydarzenia, zeznał, że tego dnia do bezbronnych więźniów strzelała trójka SS-manów: SS-Hauptscharführer Gerhard PalitzschGerhard Palitzsch na stronach Muzeum Auschwitz., SS-Unterscharführer Heinrich Schoppe oraz SS-Lagerführer Friedrich Stiwitz.

Józef Noji pośmiertnie został odznaczony przez komendę główną Armii Krajowej dnia 16 czerwca 1944 Krzyżem Walecznych oraz 20 listopada 1944 roku przez Prezydenta RP na uchodźstwie Srebrnym Krzyżem Zasługi z Mieczami.

Osiągnięcia sportowe thumb|Józef Noji w biegu na 5000 m na igrzyskach olimpijskich w 1936 w Berlinie thumb|Noji na 4.