W 1659 rozgromił armię rosyjską w bitwie pod Konotopem. Przeciwko postanowieniom unii hadziackiej wybuchło jednak wkrótce (z inspiracji Rosji) powstanie kozackie tzw. czerni, czyli miejscowego chłopstwa ruskiego, które doprowadziło w 1659 do odebrania hetmaństwa Wyhowskiemu. Buławę po nim przejął Jerzy Chmielnicki. W 1660 został wojewodą kijowskim. W 1660 wystawił regiment dragonii koronnej swojego imienia, który wziął udział w kampanii prowadzonej przez hetmanów koronnych przeciw Moskwie. Walczył pod Lubarem i pod Cudnowem.
Ożeniony z Oleną Stetkiewicz, córką Bohdana Stetkiewicza, senatora Wielkiego Księstwa Litewskiego.
W 1664, oskarżony o knowania z Rosją przez rywalizującego z nim o przywództwo Pawła TeteręJanusz Tazbir, Jak Polska Ukrainę straciła w „Polityka” 4 listopada 2009, został rozstrzelany przez wojsko koronne. Według Janusza Tazbira odbyło się to bez śledztwa i sądu. Innego zdania był Eustachy Iwanowski, który napisał: „Roku 1664 w Korsuniu został rozstrzelanym Wyhowski, wojewoda Kijowski, nie przez Czarnieckiego, jak sądzą błędnie, ale z wyroku sądu wojennego”Eustachy Iwanowski, Rozmowy o polskiéj koronie, str. 650.