Ostatnia działalność Pomimo operacji serca i wstawienia bypassów, Ecclestone pozostaje tak samo aktywnym promotorem swojego biznesu jak wcześniej. Pod koniec lat 90. zmniejszył swoje udziały w SLEC Holdings (właścicielu różnych firm zarządzających Formułą 1) do 25%. Mimo wszystko Ecclestone zachował pełną kontrolę nad spółkami.
W kwietniu 2000 Ecclestone sprzedał International Sportsworld Communicators Davidowi Richardsowi. ISC posiada prawa komercyjne do rajdów WRC.
Ecclestone znalazł się pod ostrzałem w październiku 2004, kiedy nie dogadał się z prezydentem British Racing Drivers’ Club – Jackie Stewartem na temat warunków przyszłych Grand Prix Wielkiej Brytanii. Spowodowało to wypadnięcie wyścigu z prowizorycznego kalendarza na rok 2005. Jednakże kiedy dziesięć zespołów spotkało się i zgodziło na serię cięć kosztów, GP zostało dodane do kalendarza, a kontrakt z 9 grudnia zapewnił odbywanie się imprezy na kolejne pięć lat.