Mapa, na której toczy się akcja gry, została również podzielona na większą liczbę prowincji.
Gracz dostał możliwość zmiany polityki wewnętrznej państwa i wprowadzania reform. Na przykład może w ten sposób ustalić, czy państwo położy nacisk na rozbudowę armii, czy floty; czy zastosować doktrynę wolnego handlu, czy promować handel wewnętrzny; lub też czy utrzymać stosunek poddańczy, czy wspierać wolność osobistą chłopów. Każda zmiana powoduje utratę punktu stabilności i może zostać dokonana jedynie co 10 lat. Łącznie gracz ma możliwość modyfikacji ośmiu aspektów polityki wewnętrznej państwa.
Zmodyfikowano również dyplomację w grze. W Europie Universalis II gracz stracił możliwość aneksji europejskich państw po zajęciu ich wszystkich terytoriów; możliwość ta pojawia się jedynie wtedy, gdy pokonana nacja zajmuje tylko jedną prowincję. Ponadto gracz może zmusić państwa, które przegrały wojnę, do zezwolenia na przejście swoich wojsk przez ich terytorium, a nawet do ich przymusowej wasalizacji;