wśród dodanych opcji dyplomatycznych znajdują się również ostrzeżenie danego kraju przed atakiem na któregoś z sąsiadów lub udzielenie gwarancji niepodległości któremuś państwu, co skutkuje casus belli wobec agresora atakującego państwo objęte gwarancją. Sztuczna inteligencja stała się też bardziej nieprzewidywalna – kierowane przez komputer nacje potrafią w każdej chwili uderzyć na gracza w niekorzystnej dla niego sytuacji. Zmiany w aspekcie wojennym dotyczą możliwości zakupienia przez gracza wojsk najemnych oraz opłacenia korsarzy grasujących na wybranym obszarze morskim.
Rozbudowie uległ także wątek religii w grze. W poprzedniej części serii gracz może radzić sobie z buntami wywoływanymi przez innowierców tylko poprzez przesuwanie suwaków determinujących tolerancję religijną. W Europie Universalis II pojawili się misjonarze, których gracz może wysyłać do prowincji wyznających inną religię, co może spowodować nawrócenie innowierczych poddanych. Gracz po uiszczeniu odpowiedniej opłaty może ogłosić się także obrońcą wiary, zyskując casus belli przeciwko wszystkim państwom wyznającym inną religię.