W drugiej części serii pojawiły się też nowe religie wschodnie: buddyzm, konfucjanizm i hinduizm.
Produkcja Europa Universalis II została stworzona przez szwedzki zespół Paradox Development Studio należący do przedsiębiorstwa Paradox Entertainment (obecnie Paradox Interactive). Jej głównym projektantem oraz programistą został Johan Andersson, pracujący przy pierwszej części serii. Pierwsze informacje o pracach nad kontynuacją Europy Universalis zostały opublikowane w lipcu 2001 roku; wydawca gry, Strategy First, oprócz zmian w rozgrywce zapowiedział dołączenie edytora scenariuszy. Producent gry, Gustaf Magnuson opisywał ją jako rozwinięcie już istniejących elementów pierwszej części, bez wprowadzania drastycznych zmian. Prace nad Europą Universalis II zostały zakończone 1 listopada 2001 roku, kiedy została ona wysłana do tłoczni, a 15 listopada gra ukazała się w sklepach amerykańskich. Premiera w Polsce oficjalnie odbyła się 12 grudnia 2001 roku w dystrybucji CD Projektu, aczkolwiek do sklepów polskich gra dotarła dwa dni później;