W 1871 roku, z powodu zniesienia hanów, domena Tsushima stała się częścią prefektury Izuhara. W tym samym roku prefektura Izuhara została połączona z prefekturą Imari, a w 1872 roku nazwa została zmieniona na prefekturę Saga. W 1872 roku Cuszima została przeniesiona do prefektury Nagasaki, a jej dwa okręgi Kami-agata i Shimo-agata zostały połączone, tworząc nowoczesne miasto Tsushima. Te zmiany były częścią szerokich reform, które były przeprowadzane w Japonii w wyniku restauracji Meiji. W tym okresie Japonia stawała się nowoczesnym państwem i regionalną potęgą gospodarczą, przechodząc szeroko zakrojone zmiany w rządach, przemyśle i edukacji.
XX wiek Po wojnie chińsko-japońskiej zakończonej traktatem z Shimonoseki Japonia czuła się upokorzona przez interwencję mocarstw (Niemcy, Francja i Rosja), które pod groźbą siły zmusiły ją do oddania Chinom cennego półwyspu Liaodong. W wyniku tego japońscy przywódcy przewidzieli trafnie, że wojna z Rosją lub innym zachodnim mocarstwem jest bardzo prawdopodobna. W latach 1895–1904 marynarka japońska przebiła przez skaliste przesmyki pomiędzy zatoką Aso na zachodzie i cieśniną Cuszima na wschodzie kanał Manzeki-seto o 25 m szerokości i 3 m głębokości. Podzielił on praktycznie wyspę na dwie części.