Pod koniec XVI w. japoński przywódca Hideyoshi Toyotomi zgromadził pod swoimi rozkazami wielu lokalnych władców (daimyō), planując zjednoczenie wszystkich frakcji dla wspólnej sprawy. Koalicja Hideyoshiego zaatakowała Koreę, co doprowadziło do siedmioletniej wojny. Cuszima była główną bazą morską dla tej inwazji. W ramach wsparcia wysiłku wojennego do 1603 roku na Cuszimę przetransportowano dużą liczbę koreańskich pracowników.
Po fiasku japońskiej inwazji między dwoma narodami ponownie zapanował pokój. Cuszima jeszcze raz stała się kupieckim portem. Aż do 1755 handel był zarządzany przez reprezentantów wysyłanych zarówno przez dynastię Joseon, jak i siogunat Tokugawów. W okresie Edo powoli przywracano rządy japońskie, korzystając z faktu, że dynastia Joseon nie kolonizowała wysp swoimi ludźmi, kontynuując politykę pozostawienia ich w stanie niezamieszkanym. Mimo to rząd Joseon nie uznawał roszczeń Japonii do Cuszimy i do 1860 roku kontynuował druk map z Cuszimą jako częścią swojego terytorium. Pod koniec XIX w. rząd Meiji oficjalnie włączył wyspy do Japonii.