Ptolemeusz, który później przebywał w świątyni Artemidy w Efezie w Azji Mniejszej, zabiegał w dalszym ciągu o poparcie w odzyskaniu tronu, co zakończyło się interwencją w 55 p.n.e. Armia pod dowództwem prokonsula Syrii, bliskiego Pompejuszowi Aulusa Gabiniusza (któremu Ptolemeusz przekazał bądź, co bardziej prawdopodobne, przyobiecał 10 000 talentów łapówki) i m.in. Marka Antoniusza (służącego jako praefectus equitum) wbrew rzymskiemu prawu ruszyła na Egipt, pokonała Archelaosa, który zginął w walce niedaleko Peluzjum (lub, jak twierdzi Strabon, został stracony na rozkaz Ptolemeusza), i zdobyła kraj. Ptolemeusz objął ponownie tron w kwietniu 55 p.n.e. Niewykluczone, że interwencja odbyła się za zgodą lub nawet rozkazem Pompejusza.
Drugie rządy (55-51 p.n.e.) Pierwszym krokiem w drugim okresie sprawowania władzy było zamordowanie rządzącej dotychczas córki Bereniki IV i jej zwolenników. Drugą osobą w państwie stał się zausznik i wierzyciel faraona, rzymski bankier Gajusz Rabiriusz Postumus, mianowany ministrem finansów. Postumus wykorzystał swoją pozycję do bezwzględnego drenażu finansowego Egiptu i licznych nadużyć. Po roku, w obliczu groźby rebelii, Ptolemeusz musiał usunąć rzymskiego bankiera ze stanowiska i uwięzić go;