Wygnanie Polityka uległości w stosunku do Rzymu (m.in. podczas aneksji Cypru w 58-56 p.n.e., który od 80 p.n.e. był niezależny od Egiptu) i duże darowizny obciążające budżet królewski i barki poddanych doprowadziły do wybuchu niezadowolenia społecznego. Ptolemeusz musiał opuścić Aleksandrię i udał się na wygnanie, początkowo na wyspę Rodos (gdzie doznać miał upokorzenia ze strony Katona), a następnie do Rzymu. Tam został przyjęty przez Pompejusza, który oddał mu na własność willę nad Albano. Wkrótce zmarła jego pierwsza żona Kleopatra Tryfajna.
Od 58 p.n.e. Egiptem rządziła córka Ptolemeusza, Berenike IV, najpierw ze wspomnianą Kleopatrą Tryfajną (lub siostrą tego samego imienia; ustalenie faktów biograficznych na temat tych dwu postaci nastręcza trudności), a po jej prawdopodobnej śmierci ok. 57 p.n.e. z mężem Archelaosem (wcześniej przez kilkanaście dni współrządził z Bereniką Seleukos VII). Wysłała ona do Rzymu liczące ok. 100 osób poselstwo, chcąc uzyskać legitymację swojej władzy, na skutek starań Ptolemeusza misja ta nie doszła do skutku.