W październiku 2004 Merlin zdobył pierwsze miejsce w rankingu Deloitte & Touche na najszybciej rozwijającą się firmę w Europie Środkowej w branży informatycznej. Rok później przez tygodnik Wprost i portal money.pl został uznany na najlepszy polski sklep internetowy w kategorii książki, filmy i muzyka. Otrzymał również m.in.: nagrodę NASK im. prof. Tomasza Hofmokla „za propagowanie idei społeczeństwa informacyjnego”, tytuł CoolBrand Polska, tytuł Superbrand, złote godło Laur Klienta 2009.
W marcu 2006 Merlin.pl został przekształcony w spółkę akcyjną. Przewodniczącym Rady Nadzorczej Merlina został jego założyciel Zbigniew Sykulski, a wiceprzewodniczącym – Piotr Wilam, współtwórca portalu Onet.pl. Trzecim członkiem Rady jest Jacek Herman-Iżycki.
W lipcu 2010 roku NFI Empik Media & Fashion podpisało umowę inwestycyjną na mocy której miało objąć 60 proc. akcji Merlin.pl poprzez wniesienie do tej spółki pionu handlu internetowego spółki Empik sp. z o.o. pod nazwą E-Newco. Aby połączyć się, firmy potrzebowały zgody Urzędu Ochrony Konkurencji i Konsumentów. Takiej zgody nie uzyskano, wobec czego transakcja nie doszła do skutku.