W maju 2013 Grupa Czerwona Torebka zawarła umowę inwestycyjną dotyczącą przejęcia spółki Merlin.pl. Wartość całej transakcji została ustalona na blisko 51,3 mln zł. Zgodnie z zawartą umową do Czerwonej Torebki aportem wniesione zostało 99,6% akcji Spółki Merlin.pl. W zamian Grupa Kapitałowa wydała właścicielom sklepu internetowego nieco ponad 1,5 mln akcji serii E (stanowiących około 3% kapitału zakładowego). Akcjonariusze Czerwonej Torebki podjęli 25 kwietnia 2013 stosowną uchwałę dotyczącą podwyższenia kapitału.
We wrześniu 2013 spółka przeniosła siedzibę z Warszawy do Poznania.
28 grudnia 2015 w Sądzie Rejonowym w Poznaniu spółka Merlin.pl S.A. złożyła wniosek o upadłość z możliwością zawarcia układu.
Pod koniec listopada 2015 roku spółka Topmall zawarła ze spółką Merlin.pl S.A. umowę o długoterminowej współpracy handlowej, która zakłada m.in. wydzierżawienie znaku towarowego oraz domeny internetowej merlin.pl. Topmall jest polską firmą działającą na rynku e-commerce. Specjalizuje się w sprzedaży internetowej w modelu cross-border, rozwijając skierowany do mieszkańców Ukrainy sklep topmall.ua.
Na początku marca 2016 merlin.pl ruszył w nowej odsłonie.